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小米手机可以通过设置应用锁来对短信进行加密，具体操作步骤如下。
1、打开手机中的设置，找到并点击“应用锁”选项，如果手机中设置了指纹解锁，也可以通过指纹快速进入应用锁。
2、在应用锁页面中，找到并点击“短信”旁边的图标将其开启，此时会弹出提示，需要为应用设置一个四位数的密码或使用锁屏密码进行验证。
3、设置好密码或验证指纹后，短信应用的加密就设置完成了，当再次进入短信界面时，会要求输入刚才设置的密码或验证指纹才能进入，从而保护短信内容的安全。
还可以通过第三方应用如私密短信、安全文件夹等实现短信加密功能，需要注意的是，不同版本MIUI系统的设置可能存在差异，可以根据手机的具体情况选择最适合的加密方式。